过去让 AI 设计蛋白质，更像是让它捏出一个合适的零件；这项工作则要求零件真正动起来，像剪刀一样切断指定的肽键。研究者用 RFdiffusion——一种从杂乱形状逐步“去噪”、生成蛋白质三维骨架的方法——从头设计含锌活性位点的蛋白酶。锌在这里像固定好的工具，帮助活化水分子，推动化学反应。
关键不只是把锌塞进去，还要让周围原子提前排到合适位置，也就是“活性位点预组织”。论文称，测试的 135 个设计中，36% 能在目标位置切开对应肽底物；最佳设计将反应加速超过 10^8 倍。研究者再替换四个氨基酸、改善活性位点的排列后，加速幅度超过 10^10 倍。这说明生成式蛋白设计开始跨过一道重要门槛：模型不再只安排结构外形，也能参与编排真正的催化功能。